Τα εκπαιδευτικά προγράμματα στο «Σπίτι των Παραμυθιών - Tο Μουσείο Αλλιώς» έχουν στόχο τη γνωριμία των μαθητών με την ελληνική και παγκόσμια προφορική παράδοση, την άυλη πολιτισμική κληρονομιά, προσεγγίζοντας θεματικές που σχετίζονται με τις καθημερινές εμπειρίες από τη σχολική και κοινωνική ζωή των παιδιών, όπως ανθρώπινες σχέσεις και διαφορετικότητα, ελληνικός και παγκόσμιος πολιτισμός, βιβλίο, διατροφή.
Τα εκπαιδευτικά προγράμματα υλοποιούνται από συνεργάτες του «Κέντρου Μελέτης και Διάδοσης Μύθων και Παραμυθιών» με επιστημονική, παιδαγωγική και καλλιτεχνική κατάρτιση, με ειδικότητα παιδαγωγού, κοινωνιολόγου, λαογράφου, γλωσσολόγου, θεατρολόγου, διατροφολόγου, αφηγητή και ηθοποιού.